Ключова різниця: Атоми - це основні одиниці, з яких складається вся матерія. Атоми крихітні, від 0, 1 до 0, 5 нанометрів по ширині. Кожен атом будь-якого елемента складається з протонів, нейтронів і електронів. Атоми різних елементів об'єднуються для створення молекул. Це відбувається через хімічну реакцію. Молекула - це найменша кількість хімічної речовини, яка може існувати.

Елемент - це чиста хімічна речовина, яка має один або один тип атома, що відрізняється атомним номером. Атомний номер виводиться з числа протонів, що знаходяться в ядрі елемента. Всього виділено 118 елементів, розділених між металом, металоїдами та неметалами. Кожен елемент має свій власний набір властивостей. Більшість елементів доступні на землі, тоді як деякі з них були розроблені штучно через ядерні реакції. Елемент вже знаходиться у найсвіжішій формі і його неможливо додатково розбити. Всі елементи можна знайти в періодичній таблиці, перераховані за атомним номером.
Кожен атом будь-якого елемента складається з протонів, нейтронів і електронів. Протони і нейтрони складають ядро атома і знаходяться в середині атома. Ядро оточене хмарою електронів, які пов'язані з ядром електромагнітною силою. Електрони мають негативний заряд, яким вони притягуються до ядра, оскільки протони в ядрі мають позитивний заряд. З іншого боку, нейтрони не мають заряду.
Число протонів, нейтронів і електронів в атомі визначають, яким він є. Наприклад: Атом заліза має 26 протонів, 30 нейтронів і 26 електронів. Кожен атом заліза буде мати таку конфігурацію.
Атоми різних елементів об'єднуються для створення молекул. Це відбувається через хімічну реакцію. Наприклад: два атоми водню і один атом кисню об'єднуються, щоб зробити молекулу води.

Молекула може мати дуже різні властивості від елементів, з яких вона виготовлена. Наприклад: вода поводиться дуже інакше, ніж кисень або водень, хоча вона складається з двох атомів водню і одного атома кисню.
Крім того, атом не може існувати самостійно в природі без прив'язки до чогось. Ми ніколи не знайдемо єдиного атома кисню або одного атома вуглецю. Він завжди пов'язаний з чимось, наприклад, O2 (кисень) або CO2 (вуглекислий газ). При приєднанні до молекули молекула може існувати незалежно в природі, тому завжди можна знайти молекулу кисню, молекулу діоксиду вуглецю, молекулу води (H2O) тощо.
У молекулі атоми склеюються в певній формі або формі. В основному це залежить від кількості зв'язків, які може зробити атом. Атоми утворюють молекули, утворюючи хімічні зв'язки один з одним. Атоми кисню завжди мають дві зв'язки з іншими атомами, атоми вуглецю завжди мають чотири зв'язки з іншими атомами, а атоми азоту завжди мають три зв'язки з іншими атомами. Завдяки цьому певний тип молекули завжди має певну форму, наприклад, п'ятикутну, гексагональну, бічну, двосторонню тощо.
Молекули завжди прагнуть об'єднатися, їх формування залежить від їх стану. Такі, як у газоподібному стані, молекули прагнуть просто літати. У рідкому стані молекули, як правило, вільно згруповані так, що вони все ще можуть рухатися. Тоді як в твердому стані молекули щільно упаковані і можуть тільки вібрувати.
Молекули зазвичай представлені в молекулярній формулі. Наприклад: O2, H2O, CO2, C6H12O6 (цукор). Молекулярна формула - це назва елемента, за яким йде число атомів цього елемента в молекулі.